0 просмотров
Рейтинг статьи
1 звезда2 звезды3 звезды4 звезды5 звезд
Загрузка...

Как диагностируют коронавирус в россии

Наука

Медицина

«Не накопился»: почему врачи отпустили больного коронавирусом

Как диагностируют коронавирус в России и США

Почему больной коронавирусом китаец пять дней свободно передвигался по Чите, как диагностируют заболевание в России и США и почему отрицательный анализ не дает гарантии отсутствия вируса в организме, разбиралась «Газета.Ru».

Больной коронавирусом китаец из Читы обращался к местным медикам за пять дней до своей госпитализации и сдавал тест на наличие коронавируса, но он не сработал, в результате чего он свободно передвигался по городу все это время. Это произошло из-за слишком низкой вирусной нагрузки на момент первого анализа, поясняет заведующая Лабораторией Центра гигиены и эпидемиологии в Забайкальском крае Ольга Гредюшко.

«Процесс определения коронавируса ничем не отличается от определения вируса гриппа или ОРВИ. Все они исследуются методом полимеразной цепной реакции, единственная разница в том, что используются разные наборы реагентов. Вирус определяется специалистами около шести часов, но в инкубационном периоде он не успевает накопиться в клетке и показать результат сразу», — говорит Гредюшко.

По словам специалиста, бывает, что от момента заражения человека до момента забора материала проходит мало времени, и вирус не успевает накопиться в клетках. Так и произошло в случае с этим пациентом.

Концентрация вируса была маленькая, и вирусная нагрузка оказалась неопределяемой.

Но, когда анализ взяли во второй раз, концентрация была достаточная, чтобы система определила наличие заболевания.

Тест-системы для диагностики коронавируса в России разработали специалисты Государственного научного центра вирусологии и биотехнологии «Вектор» в Новосибирске.

В тестах есть четыре пробирки: две — с реагентами, две — для положительного контрольного образца или отрицательного. Подготовленные компоненты реакционной смеси затем ставятся в прибор, который выдает данные в виде цифр и кривой, позволяющих однозначно определить вирусный материал в клиническом образце, рассказала заместитель генерального директора по научной работе центра «Вектор» Елена Гаврилова местному изданию «Новосибирск Онлайн».

«Мы разработали эти наборы очень оперативно: 10 января появилась первая нуклеотидная последовательность нового коронавируса, и уже менее чем за неделю мы разработали два набора, — говорит она. — Они отличаются: один непосредственно выявляет новый коронавирус, второй позволяет выявлять как новый коронавирус, так и вирус тяжелого острого респираторного синдрома, более нам известный как вирус атипичной пневмонии, который вызвал заболевание в 2000-х годах».

В США методику для выявления коронавируса разработали Центры по контролю и профилактике заболеваний. Первым шагом стало определение генома вируса. Часть его областей удалось выявить благодаря сходству с другими коронавирусами.

Так как геном коронавируса состоит из РНК, а не ДНК, исследователи использовали фермент обратную транскриптазу, которая создает копию ДНК на основе РНК (транскрипция — это синтез РНК с использованием ДНК в качестве матрицы, здесь же применялся обратный процесс). Сам вирус изолировать не пришлось — фрагменты ДНК собственных клеток пациента, бактерий и т. п. удалось отсеять с помощью соответствующего программного обеспечения. К этому времени китайские власти тоже расшифровали геном вируса и опубликовали данные.

Чтобы сделать диагностический тест, специфичный именно для 2019-nCoV, исследователи выделили участки генома, которые не меняются быстро по мере эволюции коронавируса, но при этом достаточно отличаются от участков генома других коронавирусов. Обнаружить эти участки в пробах, полученных от пациентов, можно с помощью ПЦР (полимеразной цепной реакции). При ПЦР используются специальные ферменты, которые многократно удваивают определенный участок ДНК, что позволяет обнаружить вирус или бактерию.

Однако с РНК ПЦР не работает, поэтому тут в игру снова вступает обратная транскриптаза — с ее помощью на основе РНК создается ДНК, которую и используют для диагностики.

Использование ПЦР в реальном времени (количественная ПЦР) позволяет измерять количество ДНК после каждого цикла деления. Это позволяет отследить ошибки, которые могут возникнуть при увеличении числа копий ДНК или загрязнении образца — они накапливаются в течение нескольких циклов, в то время как ДНК, под которую подбирались ферменты, откликается сразу же. Хотя ошибки происходят редко, они могут повлиять на конечный результат.

О динамике инфекции пока известно мало. Исследователям еще предстоит выяснить, спустя какое время после заражения вирус можно обнаружить и как это сопоставляется с появлением симптомов. Однако когда симптомы уже есть, вирусная нагрузка достаточно высока, чтобы была возможность провести анализ и уже через несколько часов установить — пострадал человек от коронавируса или чего-то еще.

Как выявляют пациентов, зараженных COVID-19 и насколько надежны российские тесты на коронавирус

Роспотребнадзор отчитался о том, что по состоянию на 15 марта в России проведено почти 110 тыс. тестов на коронавирус. Эта цифра вызывает вопросы: наша страна оказалась среди лидеров тестирования, хотя российский метод определения болезни не опубликован на сайте ВОЗ, а скорость тестирования в нашей стране в шесть раз быстрее, чем у иностранцев, — это довольно подозрительно. Znak.com попросил медицинского журналиста Даниила Давыдова объяснить, как устроены тесты на коронавирус и можно ли доверять данным Роспотребнадзора.

Как устроено тестирование на коронавирус в России и в мире

2 марта 2020 года Всемирная организация здравоохранения (ВОЗ) обновила временное руководство по лабораторной диагностике заболевания, которое называется «коронавирусная болезнь 2019», или COVID-19.

Согласно руководству ВОЗ, анализы на вирус SARS-CoV-2 должны проводиться:

  1. Методом полимеразной цепной реакции (ПЦР) с обратной транскрипцией. Это самый точный и надежный метод диагностики вирусной инфекции, который позволяет обнаружить даже очень небольшое количество генетического материала (РНК) вируса в биологическом материале человека. Предпочтительно брать мазок из ротоглотки или носоглотки, потому что в кале и крови вирусов меньше.
  2. В лаборатории с уровнем биологической безопасности 2 (BSL-2). Всего существует четыре уровня безопасности. На первом уровне требования минимальные, на четвертом — самые строгие. В лабораториях с уровнем безопасности BSL-2 исследуют микробов, представляющих умеренную опасность для сотрудников лаборатории и для окружающей среды.

Почему пока нет домашних экспресс-тестов на коронавирус

ПЦР-анализ с обратной транскрипцией на SARS-CoV-2 можно провести только в лабораторных условиях, потому что для него требуется набор реактивов и лабораторное оборудование. Для этого нужны:

  • микроцентрифуга,
  • мешалка,
  • детекторный модуль ПЦР в реальном времени с реакционным модулем амплификатора.

На дому такой тест сделать нельзя, поэтому экспресс-тестов на основе ПЦР не существует.

27 февраля 2020 года сингапурские исследователи объявили, что разработали иммуноферментный анализ (ИФА) на антитела к SARS-CoV-2. На основе ИФА можно разработать в том числе и «домашние» экспресс-тесты на SARS-CoV-2. Однако пока это чисто экспериментальная разработка.

Но даже если в конце концов экспресс-тесты на основе ИФА и появятся, они будут уступать лабораторной ПЦР и в точности, и в скорости определения заражения вирусом. ИФА-тест обнаруживает не генетический материал вируса, а антитела — иммунные белки, которые организм вырабатывает к вирусу. Чтобы организм успел выработать антитела, с момента заражения должно пройти около недели. Если сделать ИФА-тест раньше, он не покажет заражения, даже если в организме у человека уже есть вирус SARS-CoV-2.

Как делают анализы на коронавирус во всем мире

Где делают тест. В Европе, Великобритании и Австралии тесты делают в любой лаборатории с уровнем безопасности BSL-2, в которой есть оборудование для ПЦР-реакции с обратной транскрипцией и реактивы, которые необходимы для поиска РНК вируса SARS-CoV-2. В США тесты делают в лабораториях Центра по контролю и профилактике инфекционных заболеваний (CDC) и в государственных лабораториях общественного здравоохранения. Тест проводится в соответствии с протоколом, принятым в конкретной стране.

Принцип действия теста. В США и других странах для анализа берут мазок с задней стенки глотки, образец слюны или жидкости из нижних дыхательных путей (то есть мокроты). Затем образец доставляют в лабораторию и выделяют из него рибонуклеиновую кислоту (РНК), содержащую геном вируса. Затем к смеси реагентов добавляют фермент, который превращает РНК в ДНК — это и есть обратная транскрипция. После этого вирусную ДНК копируют миллионы раз и ищут в ней участок, соответствующий геному SARS-CoV-2. Если такой участок есть, анализ признают положительным.

Состав набора для анализа. Все зарубежные наборы для определения вируса похожи по составу. Для примера мы взяли американский набор «CDC 2019-Novel Coronavirus (2019-nCoV)», рассчитанный на 1 тыс. реакций:

  • два набора «вирусных» праймеров и зондов — «кирпичиков», из которых будут собирать копии генома коронавируса, и флуоресцентных «меток», которые покажут, есть ли в образце разыскиваемый участок вирусного генома. В инструкции к набору указан объем и состав обоих наборов, предназначенных для поиска двух участков коронавирусного гена N: 2019-nCoV_N1, 2019-nCoV_N2;
  • набор «человеческих» праймеров и зондов — он нужен, чтобы не перепутать человеческую РНК с РНК вируса: RP. В инструкции указан объем и состав набора;
  • набор положительных и отрицательных контрольных образцов для двух участков коронавирусного гена N и для человеческой РНК. Контроль помогает понять, работает реактив или нет;
  • подробная инструкция, в которой сказано, реактивы каких производителей можно взять для выделения РНК из биоматериала и для обратной транскрипции — то есть для «превращения» РНК в ДНК.

Точность. Тест способен обнаружить 0,3–3 копии вирусной РНК в микролитре (0,001 мл).

Сроки. 24–48 часов.

Сколько сделано анализов. По данным CDC, на 16 марта 2020 года в США на SARS CoV-2 было проверено: в лабораториях CDC — 4 тыс. 255 анализов; в 48 государственных лабораториях — 20 тыс. 907 анализов. Анализы начали делать 18 января 2020 года.

Цена. Тестирование оплачивает государство. Сдать анализ на SARS-CoV-2 в частной лаборатории за деньги нельзя.

Как делают анализы на коронавирус в России

11 февраля 2020 года ФБУН ГНЦ ВБ «Вектор» Роспотребнадзора получил регистрационное удостоверение № РЗН 2020/9677 на тест-систему «Вектор-ПЦРрв-2019-nCoV-RG», предназначенную для выявления РНК коронавируса 2019-nCoV методом ПЦР. Эта информация была опубликована на сайте Роспотребнадзора.

Где делают тест. Согласно документу Роспотребнадзора «О требованиях к организации лабораторных исследований на новую коронавирусную инфекцию», проводить тест можно в лабораториях, у которых есть лицензия на работу с возбудителями инфекционных заболеваний человека и животных II степени потенциальной опасности.

Это соответствует уровню безопасности BSL-3. Пример микроба, с которым обычно работают в лаборатории BSL-3 — Mycobacterium tuberculosis, то есть бактерии, вызывающие туберкулез. Получается, что в нашей стране для работы с коронавирусом лаборатории нужен почти что самый высокий уровень биологической безопасности из возможных — BSL-3. Это притом что большинство российских лабораторий, как и везде в мире, имеет уровень безопасности BSL-2. (Дополнение от 17.03.2020, 18:27 мск: в этот фрагмент внесены изменения, уточнена информация об уровнях безопасности лабораторий.)

Во временных методических рекомендациях Минздрава по профилактике, диагностике и лечению новой коронавирусной инфекции 2019-nCoV написано, что все образцы биологических материалов «в обязательном порядке направляют в научно-исследовательскую организацию Роспотребнадзора или в Центр гигиены и эпидемиологии в субъекте Российской Федерации». Адреса лабораторий в рекомендациях не указаны. Из публикаций СМИ можно сделать вывод, что часть материалов для анализа отправляется в Новосибирск, где расположен «Вектор».

Принцип действия теста. Как и за рубежом, анализ проводят методом ПЦР-реакции с обратной транскрипцией.

Состав набора для анализа. Опубликованное описание набора реагентов «Вектор-ПЦРрв-2019-nCoV-RG» выглядит так:

  • реагент-1, прозрачная бесцветная жидкость, 0,70 мл, 1 пробирка;
  • реагент-2, прозрачная бесцветная жидкость, 1,20 мл, 1 пробирка;
  • положительный контроль (ПКО), прозрачная бесцветная жидкость, 0,20 мл, 1 пробирка;
  • отрицательный контроль (ОКО), прозрачная бесцветная жидкость, 0,20 мл, 1 пробирка;
  • эксплуатационная документация: инструкция по применению и паспорт.

Данные по составу реагентов не опубликованы.

Точность. ТАСС сообщает, что тест позволяет обнаружить 50–500 вирусных частиц в образце.

Сроки. ТАСС сообщает, что результат исследования может быть получен за 4–8 часов (в шесть раз быстрее, чем в США). По словам представителей «Вектора», результат можно получить даже за два часа. Скорее всего, срок такой маленький, потому что речь идет только о самом ПЦР-анализе — без выделения РНК.

Сколько сделано анализов. По данным Роспотребнадзора, на 15 марта 2020 года лаборатории Центра гигиены и эпидемиологии Роспотребнадзора в субъектах Российской Федерации выполнили 109 тыс. 939 анализов. Дата, когда начали делать анализы, на сайте Роспотребнадзора не опубликована. По данным производителя, российский тест поставляется в 15 крупнейших диагностических лабораторий страны.

Цена. Тестирование оплачивает государство. Сдать анализ на SARS-CoV-2 в частной лаборатории за деньги нельзя.

Что не так с тестированием на коронавирус в России

  • Мы не можем сравнить тест-систему «Вектор-ПЦРрв-2019-nCoV-RG» с зарубежными аналогами, потому что не знаем состав реагентов. Из-за этого мы не можем даже примерно предположить, насколько этот тест на самом деле точен и надежен.
  • Российская тест-система «Вектор-ПЦРрв-2019-nCoV-RG» основана на том же принципе, что и зарубежные аналоги: это метод полимеразной цепной реакции (ПЦР) с обратной транскрипцией. Непонятно, почему в России срок получения результата почти в шесть раз меньше, чем за рубежом. Впрочем, появлялись сообщения, что швейцарская компания Roche также выпустила тесты, которые позволяют получить результат за четыре часа.
  • В США со времени начала эпидемии провели 25 тыс. 162 теста. В России — 109 тыс. 939 тестов. Это в четыре раза больше. При этом в России, по данным «Вектора», исследования ведутся в 15 лабораториях, а в США — в 48 лабораториях. Непонятно, за счет чего тестирование в России идет настолько быстрее, чем в США.
  • Неизвестно точно, в каких лабораториях делают анализ на геном вируса SARS-CoV-2 и где именно они находятся. Мы не знаем, с какой нагрузкой способны работать эти лаборатории и сколько времени нужно, чтобы доставить в них биологический материал пациентов.
  • Даже если в России зарегистрируют иностранные тест-системы, предназначенные для выявления генома вируса SARS-CoV-2, обычные российские лаборатории с уровнем биологической безопасности BSL-2 все равно будут не вправе с ними работать. То есть результаты, полученные в лаборатории Роспотребнадзора, негде будет перепроверить. А если эпидемия распространится шире, к тестированию нельзя будет подключить частные лаборатории.

Хочешь, чтобы в стране были независимые СМИ? Поддержи Znak.com

© Информационное агентство «Znak»
Шеф-редактор Колезев Д.Е., kolezev@gmail.com
Учредитель: Панова О.Р.

Свидетельство о регистрации СМИ № ФС77-53553 от 04 апреля 2013 года. Выдано Федеральной службой по надзору в сфере связи, информационных технологий и массовых коммуникаций (Роскомнадзор).

Адрес: 620026, г. Екатеринбург, ул. Мамина-Сибиряка, 126
Тел.: +7 (343) 385-84-82, e-mail: znak@znak.com

Мнение редакции может не совпадать с мнением отдельных авторов.

При использовании материалов сайта ссылка обязательна.

Почему в России так трудно провериться на коронавирус

Что происходит с тестированием в стране

17.03.2020 в 19:52, просмотров: 13913

Российская статистика по диагностике коронавируса вызывает множество вопросов. На днях Роспотребнадзор отчитался, что было проведено уже почти 100 тысяч тестов (для сравнения: в США — лишь 20 тысяч), во что поверить тяжело, особенно если учесть, что многие пробы направляются на перепроверку в единственную в стране лабораторию в Новосибирске, а сам тест показан очень ограниченному кругу лиц, и ни в одной коммерческой лаборатории или частной клиники страны его нет. Что происходит с тестированием в стране — разбирался обозреватель «МК».

Еще 11 февраля 2020 года тест-системы российского института «Вектор» получили государственную регистрацию. До этого момента они использовались в режиме «прототипов», то есть серийных образцов, что разрешало их применение лишь в государственных медицинских учреждениях. По идее, как только изделие прошло систему госрегистрации, его можно было начать распространять в коммерческих центрах, где каждый гражданин, который волнуется о своем здоровье, мог бы пройти тест платно. Но этого до сих пор не произошло.

Как пояснили нам в Роспотребнадзоре, причина одна: «Коммерческие лаборатории не могут работать с патогенами этого класса опасности». Это не совсем понятно, потому что, например, ПЦР-диагностика на коронавирусы MERS (смертность 9,6%) или SARS (смертность 36%) в коммерческих лабораториях сегодня вполне доступна. К тому же, например, ко второму классу опасности, к которому сегодня отнесен COVID-19, отнесен и ВИЧ.

Кроме того, лишь ограниченное количество граждан страны сегодня подлежат тестированию на COVID-19. Тест назначается только врачом и только при наличии показаний: тем, кто а) в течение последних 14 дней пересек границу одной из стран с неблагополучной эпидемиологической ситуацией; б) заболел с симптомами ОРВИ по прибытии из вышеперечисленных стран; в) имел контакт с пациентами с подтвержденной коронавирусной инфекцией. Во всех остальных случаях анализ не проводится!

Поэтому жалобы людей, заболевших с признаками ОРВИ, но при этом не выезжавших за пределы родины и не имевших опасных контактов, звучат все чаще: провериться негде. Те же, кого проверяют, порой жалуются на иное. В Сети сейчас полно историй людей, попавших в инфекционки чуть ли с трапа самолета, которые ждут результатов исследований по 2–3 дня. «Сам результат готов за 2–4 часа, срок до 1 дня — это логистика с соблюдением всех правил биобезопасности», — пояснили «МК» в том же Роспотребнадзоре.

К тому же протестированные в один голос рассказывают о том, что их пробы ездили на подтверждение в лабораторию в Новосибирске, которая в стране одна такая. «В Новосибирск направляются для перепроверки только пробы тех, у кого в регионах подтвердили в биоматериале наличие коронавируса», — подчеркивают в Роспотребнадзоре.

Кстати, еще 29 февраля Американское управление по продуктам и лекарствам FDA выпустило новое руководство, позволяющее коммерческим, академическим и правительственным лабораториям самостоятельно разрабатывать и использовать тесты для выявления вируса. Иными словами, никаких проблем с прохождением тестирования у американцев нет. Китай безвозмездно передает Украине миллион экспресс-тестов. Нам Поднебесная не передает ничего, но тесты уже есть в свободной продаже на Алиэкспрессе. И тут начинается детективная история.

Как рассказывает известный блогер, финансовый эксперт Михаил Жуховицкий, он договорился о поставке 300 000 тестов напрямую от китайской компании для поставки в три крупные частные клиники и лабораторию. Но и клиники, и лаборатория сообщили, что применять китайские тесты у нас запрещено: это несертифицированная продукция, и ее использование грозит крупным штрафом и лишением лицензии. «Одна из крупнейших частных клиник в РФ попыталась ввезти и сертифицировать тесты. Им не дали. А если дали бы, то сертификацию легко могли бы затянуть на 8–9 месяцев. Такая практика в стране. Частнику ввозить и продавать китайские тесты тоже нельзя. Год назад приняты поправки к статье 238.1 УК РФ. Теперь за ввоз несертифицированных в России лекарств и медицинских изделий — статья до 8 лет лишения свободы», — говорит Жуховицкий. При этом, отмечает блогер, китайский тест дает результат за две минуты, а российский, единственный сертифицированный, — смотри выше.

Это еще не все. У экспертов есть немало сомнений по поводу чувствительности применяемого в стране теста. Как удалось узнать «МК», заявленная чувствительность тест-системы ГНЦ «Вектор» — 105 копий плазмид на миллилитр, что, по современным данным, можно назвать низкой. А это означает, что если у инфицированного пациента концентрация вируса в пробе ниже (что обычно бывает в случае легкого течения заболевания), тест ничего не покажет. При этом заразить окружающих такой человек может с очень высокой долей вероятности. Да и в нашу позитивную статистику не попадет.

Тем временем в поисковых запросах появились… аппараты искусственной вентиляции легких, которыми богатые граждане страны хотят затариться на всякий пожарный. «Покупка такого аппарата домой совершенно нецелесообразна, — говорит известный доктор Павел Брандт. — Аппараты ИВЛ, используемые для лечения острой дыхательной недостаточности, предназначены исключительно для использования в лечебных учреждениях. Самостоятельно настроить и подключить такой аппарат в домашних условиях невозможно. Кроме того, полноценные аппараты ИВЛ сейчас купить практически нереально, и стоят они очень дорого. В аппаратах НИВЛ (неинвазивной искусственной вентиляции легких) тоже нет смысла. Использовать дома их можно, но при острой дыхательной недостаточности они не помогут!»

Кроме того, врачи не рекомендуют гоняться за дорогостоящими респираторами. Как рассказывает доктор Михаил Черкашин, респираторы класса FFP3 нужны только врачам, выполняющим инвазивные манипуляции с дыхательными путями инфицированных. Респираторы класса FFP2 (или N95) — персоналу, постоянно контактирующему с инфицированными. «Медицинские маски в первую очередь защитят окружающих от вас (кашель, чихание и т.д.). Самое же важное — мыть руки и протирать поверхности, которых этими самыми руками люди касаются. Один из путей передачи — контактный. Почесал нос, открыл дверь — на дверной ручке остался наш дорогой товарищ вирус. Кто-то ручку потрогал, потом почесал подбородок — и привет. Поэтому руки моем,З антисептик с собой носим. Точка».

P.S. Вчера Владимир Путин заявил, что производство российских портативных экспресс-тестов на коронавирус может быть налажено уже в апреле.

Заголовок в газете: Тест как протест
Опубликован в газете «Московский комсомолец» №28219 от 18 марта 2020 Тэги: Клиники, Лекарства, Анализы Персоны: Владимир Путин Организации: Роспотребнадзор Места: Россия, США, Украина, Китай

Ссылка на основную публикацию
Статьи c упоминанием слов:
Adblock
detector